De Clemenskerk vormt de oorspronkelijke parochiekerk van Merkelbeek en kent een indrukwekkende geschiedenis die teruggaat tot de tiende eeuw. De fundamenten van het gebouw stammen uit die tijd en zijn deels opgebouwd uit breeksteen (Maaskeien). In het metselwerk aan de zuidzijde zijn zelfs nog restanten van Romeinse dakpannen te herkennen stille getuigen van een nog verder terug reikend verleden.

In 2014 onderging het karakteristieke kerkje een grondige restauratie onder leiding van de gemeente Brunssum, waarbij ook de bijzondere wandschilderingen in ere zijn hersteld.

Al in 1234 wordt de Clemenskerk als zelfstandige parochie vermeld. In een verslag van het Landkapittel van Susteren uit dat jaar wordt een zekere “Joannes sacerdos de Merckelbeich” genoemd als priester van deze parochie. Destijds vielen de kerken van Brunssum, Schinveld en Jabeek nog onder het gezag van de Duitse gemeente Gangelt.

De oorspronkelijke zaalkerk werd door de eeuwen heen meerdere malen uitgebreid en aangepast. De toren, waarvan de muurankers het jaartal 1746 dragen, onderging in dat jaar een grootschalige restauratie. Ooit bezat de kerk zijbeuken, maar deze zijn later verwijderd. Tot 1878 bleef de Clemenskerk in gebruik als parochiekerk, totdat in het hoger gelegen deel van Merkelbeek een nieuwe kerk werd ingewijd.

Daarna kreeg het oude kerkje een nieuwe bestemming: het werd omgebouwd tot nacht koor voor religieuzen, eerst Benedictijnen en later Karmelieten. Vanaf 1901 werd het interieur verfraaid met muurschilderingen van de hand van Dom Romanus Jacobs. In dezelfde periode werden ook grenen koorbanken geplaatst in de Kapittelzaal, waar de kloostergemeenschap de acht getijden gebeden verspreid over de dag van 5 uur ’s ochtends tot 20 uur ’s avonds uitvoerde.

Het kloostercomplex naast de kerk breidde zich in de loop der jaren uit. In 1904 werd het leistenen dak vervangen door pannen en werd het oude kerkhof, waar inmiddels een Lourdesgrot was verrezen, ommuurd.